神様と呼ばれる生命体によって絶滅寸前となり島に追い込まれた人類は、封印に成功する。封印した神様の脅威を管理するため、神降ろしという儀式によって人間に憑依・受肉させた神様と、ある学園の生徒達は何度も殺し合いを行っていた。学園の生徒で「神殺し」と呼ばれ、生き残り続けた夜叉「ヤシャ」という女生徒はこの殺し合いに疑問を抱く。