首都南西100kmの海上に位置する世界最大の学術機関「明帝学園」。機械・科学・魔法・武術、あらゆる学問が研究される学園では、暴走する校則違反学生によって治安が悪化し、混迷を極めていた。 治安維持を目的とする学生組織「生徒会執行部」に所属する男子学生「剣道部」は、学園の平穏を守るため片刃刀を翻し学園を奔走する。